南方医科大学深圳医院是深圳市医疗卫生“三名工程”的重大项目，由深圳市政府按照“三级甲等”医院标准投资兴建的大型市属公立医院，是南方医科大学第六所直属附属医院。眼科于2017年5月份引进了深圳市医疗卫生“三名工程”— 厦门大学眼科研究所刘祖国教授团队。 科室目前已经配置了多种性能先进的临床诊疗设备，拥有德国蔡司公司生产的OPMI Lumera i型手术显微镜、VISULAS眼底及眼前节YAG激光治疗仪、眼生物测量仪和Humphrey II-I 全自动视野检查仪，日本拓普康公司生产的数码裂隙灯显微镜、SP-3000P角膜内皮计数仪，日本Canon TX-20P 非接触式眼压计，美国爱尔康公司生产