西安医学院第二附属医院眼科是陕西省高等学校优势学科、陕西省保健学会防盲专业委员会主任委员单位、国家光明中心项目合作单位、陕西省眼科疾病临床医学研究中心、陕西省眼科疾病临床医学研究分中心、中国微循环学会眼微循环专委会青光眼学组副组长单位、国家光明在县项目陕西合作单位、西安市眼-脑神经相关疾病防治重点实验室、西安市眼科学与视觉科学国际科技合作基地。眼科设有青光眼白内障、眼底病、眼眶整形、角膜病、眼视光等眼科临床亚专业组。