上海新瞳眼科医院是新瞳眼科的全国旗舰总院，位于上海市黄浦区滇池路81号。于2024年正式对外运营。医院引入了国内的较早批蔡司OCTCIRRUS6000，蔡司眼科手术显微镜工作站ARTEVO800，蔡司飞秒激光角膜屈光治疗仪VISUMAX，爱尔康飞秒白内障Lensx、蔡司超广角眼底照相CLARUS500，蔡司生物测量仪IOLMASTER700、达美康角膜地形图PENTACAM等先进医疗设备。