福建医科大学附属第一医院眼科中心是国家眼部疾病临床研究中心福建省分中心，福建省眼部疾病与视光学临床研究中心。是福建省眼科研究所、福建省斜视与小儿眼科防治中心、福建省颌面医学中心（眼科、耳鼻喉科、口腔科及整形外科）、国家眼科临床药理研究基地、福建省眼库、福建省医学会眼科学分会、福建省医师协会眼科医师分会、福建医科大学眼科学与视光学系、国家住院医师规范化培训基地、国家卫生部“视觉第一中国行动”福建省培训基地和福建省防盲办公室等的挂靠单位。