厦门市第五医院眼科长期与厦门大学附属第一医院眼科保持技术对接，科室现有医护人员10名，是一个集医疗、保健、教学、科研、青少年视力防控的临床科室。目前主要开展白内障超声乳化人工晶体植入术、白内障现代囊外摘除人工晶体植入术、青光眼眼外引流及滤过性手术、翼状胬肉切除联合自体球结膜瓣移植术、角巩膜裂伤缝合术、泪囊鼻腔吻合术、泪小管吻合术以及“斜视矫正术”、“上睑下垂矫正术”、“眼睑内翻矫正术”等眼科手术。每年的门急诊量、手术台次，均位居区域内医院前列。