同仁眼科已经形成了具有深远影响的金色招牌，在百年传统的基础上，整合优势资源，组建了“北京同仁眼科中心”，承担着眼科学学科建设任务。眼科中心设有综合办公室，负责行政事务管理和协调工作。中心下设五个分支机构：眼科临床部、眼科研究所、眼库、防盲办公室、眼科诊疗设备工程研究中心。眼科临床部共包括眼角膜科、青光眼科、眼底科、眼肌科、眼外伤科、眼整形科、白内障中心、视光中心、眼肿瘤科、眼中医科及临床检查中心共11个专科。