厦门医学院附属第二医院眼科现设眼科诊室3个，验光配镜室1个，大型综合仪器检查室1个，治疗室2个，候诊检查室1个，激光治疗室1个及研究室1个。另设有住院部，共设床位6张。作为厦门医学院直属教学医院，科室以讲课与临床实践相结合的方式对进修医师实施培训，承担了医学院大量医疗、教学及科研工作。